| Issue Date | Title | Author(s) | Relation | scopus | WOS | Fulltext/Archive link |
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| 2014 | 02.知識饗宴「懸崖上的考古－八千歲『亮島人』出土的故事」 | 陳仲玉 | ||||
| 2015 | 03.知識饗宴系列11電子書 | 李羅權; 陳錦地 ; 廖弘源; 李小媛; 吳金洌; 陳昭倫; 蔡宜芳; 楊建成; 陳仲玉 ; 沙培德 ; 張珣 | 台北市 | |||
| 1992 | A Prehistoric Settlement in the Mountains of Central Taiwan－and Discussion of the Origin of Mountainous Settlements | Chung-Yu Chen | 陳奇祿院士七秩榮慶論文集，頁451-463 (台北：陳奇祿院士七秩榮慶論文集編輯委員會) | |||
| 1991 | A Prehistoric Settlement in the Mountains of Central Taiwan─ and Discussion of the Origin of Mountainous Settlements | Chung-Yu Chen | ||||
| 2000 | Chinese Fisherman in the South China Sea to the Twentieth Century | Chung-Yu Chen | ||||
| 2014 | Early Austronesian: Into and Out Taiwan | Albert Min-Shan Ko; Chung-Yu Chen ; Qiaomei Fu; Frederick Delfin; Mingkun Li; Hung-Lin Chiu; Mark Stoneking; Ying-Chin Ko | The American Journal of Human Genetics 94：426-436 | |||
| 1996 | Prospects for Archaeological Research on the South China Sea Region | Chung-Yu Chen | SPAFA Journal 7(1), 35-42 | |||
| 1996 | Prospects for Archaeological Research on the South China Sea Region | Chung-Yu Chen | ||||
| 1999 | Sea Nomads in Prehistory on the Southeast Coast of China | Chung-Yu Chen | 東南亞區域研究通訊 第7期，頁2-15 | |||
| 1998 | Sea Nomads in Prehistory on the Southeast Coast of China | Chung-Yu Chen | ||||
| 2002 | The Tatun She Site-A Last Ketagalan Villege on Yangmingshan | Chung-Yu Chen | ||||
| 1996 | 中國南海區域考古學研究相關資料的四個範疇 | 陳仲玉 | 海南暨南海學術研討會論文集，頁531-548 (台北：國立中央圖書館臺灣分館) | |||
| 1995 | 中國南海區域考古學研究相關資料的四個範疇 | 陳仲玉 | ||||
| 1996 | 中國南海地區考古學研究相關書目 | 陳仲玉主編 | 台北 | |||
| 2013 | 亮島人DNA研究 | 陳仲玉 | 連江縣 | |||
| 2012 | 以考古學重建「馬祖列島」的歷史 | 陳仲玉 | 文化馬祖（2011馬祖文化年鑑）(連江縣 : 連江縣政府文化局) | |||
| 1974 | 先秦相官名號 | 陳仲玉 | 臺灣師大歷史學報 第2期，頁247-260 | |||
| 1984 | 八通關古道調查報告 | 陳仲玉 | 中央研究院歷史語言研究所集刊 第55本第4分，頁791-823 | |||
| 2008 | 南中國海諸島上的碑碣 | 陳仲玉 | 慶祝何炳棣先生九十華誕論文集，頁668-678 (西安 : 三秦出版社) | |||
| 2000 | 南中國海諸島上的祠廟 | 陳仲玉 | 中央研究院民族學研究所集刊 第89期(李亦園院士榮退特刊二)，頁275-295 |
