| 公開日期 | 題名 | 作者 | 關聯 | scopus | WOS | 全文 |
| 2000 | 中央研究院研究報告 | 吳俊宗; 張世杰 | | | | |
| 1999 | 利用生態法則改善水塘水質以提升社區灌溉功能 | 周美惠; 吳俊宗 | 財團法人新環境基金會,61頁 | | | |
| 2000 | 台灣淡水藻類的多樣性問題－從矽藻指標看問題 | 吳俊宗 | 2000年海峽兩岸生物多樣性與保育研討會論文集。國立自然科學博物館 | | | |
| 1999 | 基隆河指標生物調查方法 | 吳俊宗; 周晉文 | EPA-034880124,2-1~2-21 | | | |
| 2002 | 底棲無脊椎動物群聚 | 邵廣昭 ; 李信徹; 馬堪津; 陳章波 ; 詹榮桂 ; 劉小如; 鄭明修 ; 謝蕙蓮 ; 吳俊宗; 邱志郁 | 淡水河河口生態監測系統的建立（第三年）,298 | | | |
| 1998 | 流域水資源與生態變遷之調查分析計畫—以後龍溪為案例 | 周昌弘; 洪楚璋; 吳俊宗; 邵廣昭 | 87EC2B370028,168 pp | | | |
| 1999 | 流域水資源與生態變遷之調查分析計畫—以後龍溪為案例 (1/3~3/3) | 周昌弘; 洪楚璋; 吳俊宗; 邵廣昭 | 88EC2B370024,277 pp | | | |
| 1999 | 流域水資源與生態變遷之調查分析計畫—以後龍溪為案例(I) | 周昌弘; 洪楚璋; 吳俊宗; 邵廣昭 | 中央研究院報告,220 pp | | | |
| 2002 | 淡水河口生態系統的建立 第三年報告集 | 邵廣昭 ; 李信徹; 馬堪津; 陳章波 ; 詹榮桂 ; 劉小如; 鄭明修 ; 謝蕙蓮 ; 吳俊宗; 邱志郁 | 台北 | | | |
| 2001 | 淡水河本流及基隆河流域水中溶氧與河川底泥耗氧之調查及河川底泥處置之最適當及可行之方式規劃: 藻類與水質部份 | 吳俊宗 | EPA 034900112,2-1~2-17 | | | |
| 2002 | 淡水河河口生態監測系統的建立 | 邵廣昭; 李信徹; 馬堪津; 陳章波; 詹榮桂; 劉小如; 鄭明修; 謝蕙蓮; 吳俊宗; 邱志郁 | 中央研究院,298pp | | | |
| 2000 | 「淡水河生態監測系統的建立(II)」 | 邵廣昭; 吳俊宗; 李信徹; 馬堪津; 陳章波; 詹榮桂; 劉小如; 鄭明修; 謝蕙蓮; 邱志郁 | 中央研究院研究報告,1月18日 | | | |
| 2001 | 「淡水河生態監測系統的建立(III)」 | 邵廣昭; 吳俊宗; 李信徹; 馬堪津; 陳章波; 詹榮桂; 劉小如; 鄭明修; 謝蕙蓮; 邱志郁 | 中央研究院研究報告,298 | | | |
| 1999 | 「淡水河生態監測系統的建立」 | 邵廣昭; 李信徹; 馬堪津; 陳章波; 詹榮桂; 劉小如; 鄭明修; 謝蕙蓮; 吳俊宗; 邱志郁 | 中央研究院研究報告,1月29日 | | | |
| 1999 | 淡水河系生物相調查及生物指標手冊建立 | 吳俊宗; 周晉文 | EPA- 034880104,4-1~4-48 | | | |
| 2010 | 減緩溼地溫室氣體排放之研究 | 謝蕙蓮 ; 范嵐楓; 林幸助; 吳俊宗; 陳章波 | | | | |
| 2001 | 生態試驗箱(Mesocosm)之設計及底棲生物與底泥環境間關係試驗 | 謝蕙蓮; 吳俊宗; 林曉武; 林幸助; 陳仲吉; 李隆安; 王瑞雯; 邱琬淑 | 淡水河本流及基隆河流域水中溶氧與河川底泥耗氧之調查及河川底泥處置之最適當及可行之方式規劃,p 4-1 ~ 4-48 | | | |
| 2001 | 生態試驗箱(Mesocosm)之設計及底棲生物與底泥環境間關係試驗。淡水河本流及基隆河流域水中溶氧與河川底泥耗氧之調查及河川底泥處置之最適當及可行之方式規劃 | 謝蕙蓮; 吳俊宗; 林曉武; 林幸助; 陳仲吉; 李隆安; 王瑞雯; 邱琬淑 | 行政院環境保護署,p 4-1 ~ 4-48 | | | |
| 1999 | 翡翠水庫浮游藻與水質關係(4) | 吳俊宗; 高麗珠 | 研究報告,70頁 | | | |
| 2000 | 翡翠水庫浮游藻與水質關係(5) | 吳俊宗; 高麗珠 | 研究報告,110頁 | | | |
