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2000中央研究院研究報告吳俊宗; 張世杰
1999利用生態法則改善水塘水質以提升社區灌溉功能周美惠; 吳俊宗財團法人新環境基金會,61頁
2000台灣淡水藻類的多樣性問題-從矽藻指標看問題吳俊宗2000年海峽兩岸生物多樣性與保育研討會論文集。國立自然科學博物館
1999基隆河指標生物調查方法吳俊宗; 周晉文EPA-034880124,2-1~2-21
2002底棲無脊椎動物群聚邵廣昭 ; 李信徹; 馬堪津; 陳章波 ; 詹榮桂 ; 劉小如; 鄭明修 ; 謝蕙蓮 ; 吳俊宗; 邱志郁淡水河河口生態監測系統的建立(第三年),298
1998流域水資源與生態變遷之調查分析計畫—以後龍溪為案例周昌弘; 洪楚璋; 吳俊宗; 邵廣昭87EC2B370028,168 pp
1999流域水資源與生態變遷之調查分析計畫—以後龍溪為案例 (1/3~3/3)周昌弘; 洪楚璋; 吳俊宗; 邵廣昭88EC2B370024,277 pp
1999流域水資源與生態變遷之調查分析計畫—以後龍溪為案例(I)周昌弘; 洪楚璋; 吳俊宗; 邵廣昭中央研究院報告,220 pp
2002淡水河口生態系統的建立 第三年報告集邵廣昭 ; 李信徹; 馬堪津; 陳章波 ; 詹榮桂 ; 劉小如; 鄭明修 ; 謝蕙蓮 ; 吳俊宗; 邱志郁台北
2001淡水河本流及基隆河流域水中溶氧與河川底泥耗氧之調查及河川底泥處置之最適當及可行之方式規劃: 藻類與水質部份吳俊宗EPA 034900112,2-1~2-17
2002淡水河河口生態監測系統的建立邵廣昭; 李信徹; 馬堪津; 陳章波; 詹榮桂; 劉小如; 鄭明修; 謝蕙蓮; 吳俊宗; 邱志郁中央研究院,298pp
2000「淡水河生態監測系統的建立(II)」邵廣昭; 吳俊宗; 李信徹; 馬堪津; 陳章波; 詹榮桂; 劉小如; 鄭明修; 謝蕙蓮; 邱志郁中央研究院研究報告,1月18日
2001「淡水河生態監測系統的建立(III)」邵廣昭; 吳俊宗; 李信徹; 馬堪津; 陳章波; 詹榮桂; 劉小如; 鄭明修; 謝蕙蓮; 邱志郁中央研究院研究報告,298
1999「淡水河生態監測系統的建立」邵廣昭; 李信徹; 馬堪津; 陳章波; 詹榮桂; 劉小如; 鄭明修; 謝蕙蓮; 吳俊宗; 邱志郁中央研究院研究報告,1月29日
1999淡水河系生物相調查及生物指標手冊建立吳俊宗; 周晉文EPA- 034880104,4-1~4-48
2010減緩溼地溫室氣體排放之研究謝蕙蓮 ; 范嵐楓; 林幸助; 吳俊宗; 陳章波 
2001生態試驗箱(Mesocosm)之設計及底棲生物與底泥環境間關係試驗謝蕙蓮; 吳俊宗; 林曉武; 林幸助; 陳仲吉; 李隆安; 王瑞雯; 邱琬淑淡水河本流及基隆河流域水中溶氧與河川底泥耗氧之調查及河川底泥處置之最適當及可行之方式規劃,p 4-1 ~ 4-48
2001生態試驗箱(Mesocosm)之設計及底棲生物與底泥環境間關係試驗。淡水河本流及基隆河流域水中溶氧與河川底泥耗氧之調查及河川底泥處置之最適當及可行之方式規劃謝蕙蓮; 吳俊宗; 林曉武; 林幸助; 陳仲吉; 李隆安; 王瑞雯; 邱琬淑行政院環境保護署,p 4-1 ~ 4-48
1999翡翠水庫浮游藻與水質關係(4)吳俊宗; 高麗珠研究報告,70頁
2000翡翠水庫浮游藻與水質關係(5)吳俊宗; 高麗珠研究報告,110頁
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