| Issue Date | Title | Author(s) | Relation | scopus | WOS | Fulltext/Archive link |
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| 2008 | 制定人工魚礁投設標準作業程序工作計畫 | 莊慶達; 張崑雄; 謝寬永; 丘臺生; 鄭火元; 詹榮桂 ; 王敏昌; 吳龍靜 | 基隆 | |||
| 1982 | 南沙海底魚蹤 (圖鑑) | 張崑雄; 詹榮桂 ; 花長生 | 台北 | |||
| 1987 | 台灣南灣海域尖枝列孔珊瑚 Seriatopora hystrix 共棲的槍蝦 | 鄭明修; 張崑雄 | 海洋科學研討會，論文摘要集 | |||
| 1991 | 台灣大甲溪上游產陸封性鮭魚的現況 | 林曜松; 張崑雄; 詹榮桂 | ||||
| 1979 | 台灣沿岸魚類圖鑑 (I) | 張崑雄; 邵廣昭; 李信徹 | 中央研究院動物研究所專刊 第 6 號, 288 pp | |||
| 1984 | 台灣沿海地區自然環境保護之研究(後續計畫)海洋生物及景觀資源調查報告 | 張崑雄; 邵廣昭 ; 詹榮桂 | 台北 | |||
| 1997 | 台灣海洋生態研究之回顧與展望 | 陳章波; 邵廣昭; 張崑雄 | 生物科學 40, 57-64 | |||
| 1989 | 台灣潛水運動現況調查分析之研究 | 張崑雄; 蘇焉; 夏復國 ; 鄭明修 | 國家公園學報 第1卷第1期，頁33-49 | |||
| 1980 | 台灣的珊瑚魚類 | 張崑雄; 邵廣昭; 花長生 | 台北渡假出版社 235pp | |||
| 1989 | 墾丁國家公園小灣海域潛水育樂之規劃 | 張崑雄; 鄭明修 ; 蘇焉; 邵廣昭 ; 方力行 | 國家公園學報 第1卷第1期，頁51-85 | |||
| 1990 | 墾丁國家公園海域尖枝列孔珊瑚及其共棲甲殼類之生態研究 | 張崑雄; 鄭明修 | 內政部營建署墾丁國家公園管理處保育研究報告 72, 44 | |||
| 1986 | 墾丁國家公園海域無脊椎動物 (圖鑑) 墾丁國家公園解說教育叢書之五 | 張崑雄; 詹榮桂 | 台北 | |||
| 1985 | 墾丁國家公園海域無脊椎動物之通俗報告 | 張崑雄; 詹榮桂 ; 陳育賢 | 墾丁國家公園海域珊瑚礁及海洋生態研究 (台北 : 內政部營建署墾丁國家公園管理處) | |||
| 1985 | 墾丁國家公園海域無脊椎動物調查研究報告 | 張崑雄; 詹榮桂 | 保育研究報告第 19 號 (台北 : 內政部營建署墾丁國家公園管理處) | |||
| 1986 | 墾丁國家公園海域珊瑚礁魚類 (圖鑑) 墾丁國家公園解說教育叢書之六 | 張崑雄; 詹榮桂 | 台北 | |||
| 1988 | 墾丁國家公園海域軟珊瑚類的研究 | 張崑雄; 戴昌鳳; 鄭明修 | 內政部營建署墾丁國家公園管理處保育研究報告 53, 59 | |||
| 1989 | 墾丁國家公園海域軟體動物之生態研究 | 張崑雄; 鄭明修 | 內政部營建署墾丁國家公園管理處保育研究報告 60, 73 | |||
| 1991 | 墾丁國家公園海域雀鯛科魚類生殖行為研究 | 張崑雄; 詹榮桂 | 台北 | |||
| 1992 | 東北角海岸風景特定區海域、溪流生態及解說資源運用之調查研究 | 張崑雄; 詹榮桂 ; 鄭明修 ; 曾晴賢; 陳育賢 | 台北 | |||
| 1990 | 東部海岸風景特定區海洋生態及景觀資源之調查分析 | 張崑雄; 鄭明修 | 台灣省都市及住宅發展局 114 |
