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| Issue Date | Title | Author(s) | Relation | scopus | WOS | Fulltext/Archive link | |
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| 1 | 2012 | 馬爾地夫海底饗宴－沒有漁網才有永續的漁業和觀光資源 | 鄭明修 | 大自然, 115,6-13 | |||
| 2 | 2020 | 被政府忽視的觀塘港最佳替代方案 | 鄭明修 | 大自然 第142期，頁52-61 | |||
| 3 | 2005 | 綠島暨澎湖青灣海洋保護區規劃計畫期末報告 | 邵廣昭 ; 陳章波 ; 陳昭倫 ; 鄭明修 | 農委會漁業署委託,99頁 | |||
| 4 | 1998 | 福爾摩沙之美—台灣珊瑚礁示意圖 | 宋克義; 李永適; 邵廣昭 ; 詹榮桂 ; 蔡永春; 鄭明修 ; 戴昌鳳 | 大地地理雜誌, 1 | |||
| 5 | 2012 | 知識天地：四分溪畔的穿山甲與美國螯蝦 | 鄭明修 | 中央研究院週報, 1396,4-5 | |||
| 6 | 2010 | 澎湖西吉島海域棘冠海星大爆發事件與管控 | 鄭明修 | 海巡双月刊, 48,44-50 | |||
| 7 | 2020 | 澎湖南方四島國家公園海域長期生態監測與保育策略 | 鄭明修 ; 戴昌鳳 | 國家公園學報 第30卷第1期，頁28-41 | |||
| 8 | 2012 | 潛水觀光與討海人生－活化漁村生計，永續利用漁業資源 | 鄭明修 | 大自然, 116,18-25 | |||
| 9 | 2012 | 漁業資源永續的水產銀行－海洋保護區 | 鄭明修 | 大自然, 114,6-11 | |||
| 10 | 2004 | 海洋保護區系統之建立及其經營管理策略之研究 | 邵廣昭 ; 陳章波 ; 鄭明修 ; 陳昭倫 | 農委會,92.7.1-92.12.31 | |||
| 11 | 2011 | 水產永續與海洋保護區的雙贏策略 | 鄭明修 | 2011年台灣水產學會年會暨學術論文發表會, p. c1-3 | |||
| 12 | 2012 | 東沙環礁的歷史與生態環境變遷 | 鄭明修 | 海巡双月刊, 57, 45-50 | |||
| 13 | 2020 | 東沙環礁生態在極端氣候下的調適與管理策略 | 鄭明修 | 大自然, 第142期，頁8-15 | |||
| 14 | 2005 | 東沙海域生態資源基礎調查研究。期末報告—負責資料庫整合部份 | 鄭明修 ; 邵廣昭 ; 戴昌鳳; 陳正平; 林綉美; 孟培傑 | ||||
| 15 | 2020 | 望安周邊海域珊瑚及硨磲貝生態資源調查(澎湖縣政府農漁局委託計畫) | 鄭明修 | 望安周邊海域珊瑚及硨磲貝生態資源調查, 129 | |||
| 16 | 2010 | 揭開台灣海岸防護工程的真相與海洋生態的興衰 | 鄭明修 | 日新司法年刊, 9,376-385 | |||
| 17 | 2002 | 底棲無脊椎動物群聚 | 邵廣昭 ; 李信徹; 馬堪津; 陳章波 ; 詹榮桂 ; 劉小如; 鄭明修 ; 謝蕙蓮 ; 吳俊宗; 邱志郁 | 淡水河河口生態監測系統的建立（第三年）,298 | |||
| 18 | 2011 | 寶石珊瑚漁業漁獲與生物資料分析 | 陳志炘; 鄭明修 | 行政院農業委員會漁業署, 59頁 | |||
| 19 | 2018 | 太平島的爭論與南海珊瑚礁保育策略 | 鄭明修 | 南海評論 2 (世界知識出版社) | |||
| 20 | 2021 | 太平島棘冠海星大爆發造成珊瑚礁生態大浩劫 | 鄭明修 | 大自然 第143期，頁58-65 | |||
| 21 | 2020 | 太平島不太平靜 - 南海主權風雲再起與其珊瑚礁的保育策略 | 鄭明修 | 漫步生態秘徑：探索生物多樣性的奧妙 (台北 : 中央研究院) | |||
| 22 | 2012 | 埃及紅海水晶宮探秘 | 鄭明修 | 大自然, 117,6-15 | |||
| 23 | 2020 | 台灣淺堆的大量抽砂造成生態浩劫 | 鄭明修 | 大自然 第142期，頁35-36 | |||
| 24 | 2009 | 口腹之慾 VS 海洋生態 | 鄭明修 | 大自然, 第104期，頁12-17 | |||
| 25 | 2020 | 即刻救援台灣淺堆的生態浩劫 | 鄭明修 | 國際海洋資訊雙月刊 第6期，頁6-8 | |||
| 26 | 2020 | 七美淺海珊瑚及硨磲貝生態資源調查(澎湖縣政府農漁局委託計畫) | 鄭明修 | 七美淺海珊瑚及硨磲貝生態資源調查, 121 | |||
| 27 | 2020 | Urgent Mitigation of the Ecological Disaster on Formosa Bank | Jeng, M.S. | International Ocean Information(國際海洋資訊雙月刊) 6, 31-34 | |||
| 28 | 2011 | The taxonomy of Coralliidae Lamouroux, 1812 (Octocorallia: Alcyonacea) from the West Pacific Ocean | Tu, T. H.; Dai, C. F.; Jeng, M. S. | The 4th Cross Strait Workshop on Coral Reefs, 頁39 | |||
| 29 | 2011 | A Revision of the Family Corallidae Lamonroux, 1812 (Octocorallia: Alcyonacea) from the West Pacific Ocean | Tu, T. H.; Dai, C. F.; Jeng, M. S. | The 5th International Kuroshio Symposium, 頁40 | |||
| 30 | 2006 | 02.知識饗宴「南海秘密花園」 | 鄭明修 |
