1928年7月，本所於廣州中山大學成立，在創所所長傅斯年的領導下，以十年不到的時間即在歷史、考古、語言、民族和民俗調查等領域建立起領導性的地位。1948年冬自南京播遷來臺，1954年遷至南港現址。本所為一多學科整合之研究所，目前研究領域涵蓋歷史學、考古學、人類學、文字學，成立八十餘年來，研究成果深獲國內外學術界重視。此外，本所典藏豐富的圖書文獻與文物，包括古籍、中原考古文物、清代內閣大庫檔案、漢簡、石刻拓片、台灣考古標本等等，也透過數位化計畫，為服務學術社群及社會教育做出貢獻。
