1986年，在張光直院士(1931-2001)的帶領下，本院人文各所共同推動臺灣史田野研究計畫，並在1988年於史語所設置臺灣史田野研究室。1993年6月26日，以該研究室為基礎成立了臺灣史研究所籌備處，至2004年7月1日正式成所迄今。
本所設立宗旨在引領與提升臺灣史研究的學術深度與格局，進而促使臺灣史成為國際學術界的重要領域。成立以來，研究領域涵蓋社會經濟史、殖民地史、族群史、文化史、環境史等專門學科，兼及跨領域的整合型主題計畫，而研究時間範圍則涵蓋17至20世紀。
同仁們的研究成果，展現於本所歷年發行的各種出版品。內容不但量多質佳，同仁們的研究創見、資料價值，更獲學界同仁一致肯定。
