社會學研究所成立的主要任務，在於累積並增長社會學知識，研究社會組成原則、運作過程及其歷史變遷。本所成立之初訂了多項目標，作為本所重要任務，經過十多年來的努力，各項目標都已獲致具體成果。在2011年，經所務會議交換意見和學術諮詢委員會議中討論後，綜合成以下五項設所宗旨。
(一)推動台灣本土社會研究，建立台灣社會學的主體性。
(二)加強台灣周邊社會研究，進行區域與跨國比較研究。
(三)深化重要研究領域成果，並付諸系統化。
(四)積極發展開創性和具特色的研究領域。
(五)增進與國內外社會學界合作，並提升國際學術地位。
