由於細生所的前身是動物學研究所，因此所內保有傳統行為學和生理學研究的動物模式系統。2005年改名為細胞與個體生物學研究所後，將研究重心轉移至分子和細胞層次的研究。並於2014年確立四項主要研究領域，藉此描繪出本所期望將細胞功能研究延伸至整個生物個體，並整合兩個研究藍圖。四大主要研究領域包含：(1)細胞功能障礙；(2) 生態與演化發育生物學 ; (3) 神經科學；(4)幹細胞與再生生物學。
