2004 年生物多樣性中心正式成立，中心在成立後更將在國際上最頂尖的學者的指導與合作下，積極與國內外各大學、研究機構及院內之各所與中心（環變及基因體）加強合作，努力追求學術之卓越，未來中心的任務與使命（ mission statement ）將是：「推動、協調、獎勵國內生物多樣性之基礎科學研究 ; 促進及整合國內外之學術合作與交流 ; 結合生物、生技、生態及社經領域，共同致力於追求學術之卓越與創新 ; 並提供新知識，作為生物多樣性保育、教育及永續利用的科學基礎。」
中心研究重點有四個：
1. 海洋生物多樣性與生態系學門 (Division of Marine Biodiversity and Ecosystems)
2. 陸域生物多樣性與生態系學門 (Division of Terrestrial Biodiversity and Ecosystems)
3. 演化遺傳與基因體學門 (Division of Evolutionary Genetics and Genomics)
4. 微生物多樣性與生物資訊學門 (Division of Microbial Diversity and Bioinformatics)
