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| Issue Date | Title | Author(s) | Relation | scopus | WOS | Fulltext/Archive link | |
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| 1 | 2009 | 麻豆港街的歷史、族群與家族 | 林玉茹 | 臺南 | |||
| 2 | 2009 | 麻豆港及其市街的變遷 | 林玉茹 | 麻豆港街的歷史、族群與家族 (臺南 : 臺南縣政府) | |||
| 3 | 2006 | 鹿港郊商許志湖家與大陸的貿易文書（1895-1897） | 林玉茹 ; 劉序楓編著 | 台北 | |||
| 4 | 2001 | 閩粵關係與街庄組織的變遷：以清代吞霄街為中心的討論 | 林玉茹 | 曹永和先生八十壽慶論文集 (臺北 : 樂學書局) | |||
| 5 | 2020 | 閩南商業文化的傳承與創新：清代臺灣郊商的商業傳統 | 林玉茹 | 移轉與質化：桃園閩南文化論集 (桃園：桃園市政府文化，鄭政誠主編) | |||
| 6 | 2020 | 過新年：從傳統到現代臺灣節慶生活的交錯與嫁接 | 林玉茹 | 如何日常，怎樣生活 (臺北：臺大出版社，呂紹理主編) | |||
| 7 | 2016 | 近代臺灣經濟地理 | 林玉茹 | 中國近代地理第六卷：閩臺近代經濟地理 (上海 : 華東師範出版社) | |||
| 8 | 2023 | 貿易網絡的創新與挑戰：臺北大稻埕老源順號文書中的社會經濟活動樣態（1901-1904年） | 林玉茹 | 臺北大稻埕商業文書：陳源順號（一）（1901-1904） (臺北 : 中央研究院臺史所) | |||
| 9 | 2015 | 「臺灣田園分別墾禁圖說」與十八世紀末的臺灣 | 林玉茹 | 紫線番界 臺灣田園分別墾禁圖說解讀 (臺北 : 中央研究院臺灣史研究所) | |||
| 10 | 1999 | 臺東縣沿革 | 林玉茹 | 臺東縣史地理篇 (臺東 : 臺東縣政府) | |||
| 11 | 1998 | 臺東直隸州丈量八筐冊的史料價值：兼論一手史料的編輯整理問題 | 林玉茹 | 海峽兩岸檔案學術交流會（臺灣地區代表部分）論文集 (臺北 : 中華檔案暨資訊微縮管理委員會) | |||
| 12 | 2015 | 紫線番界 臺灣田園分別墾禁圖說解讀 | 林玉茹 ; 詹素娟; 陳志豪 | 臺北 | |||
| 13 | 1999 | 知識與社會：戰後臺灣方志的發展 | 林玉茹 | 五十年來臺灣方志成果評估與未來發展學術研討會論文集 (臺北 : 中央研究院臺灣史研究所籌備處) | |||
| 14 | 2006 | 略論十九世紀末變局下鹿港郊商的肆應與貿易：以許志湖家貿易文書為中心的介紹 | 林玉茹 | 鹿港郊商許志湖家與大陸的貿易文書（1895-1897） (臺北 : 中央研究院臺灣史研究所) | |||
| 15 | 2012 | 由私口到小口：晚清臺灣地域性港口對外貿易的開放 | 林玉茹 | 比較視野下的臺灣商業傳統 (臺北 : 中研院臺灣史研究所) | |||
| 16 | 2015 | 由「尺素頻通」看晚清寧波、泉州名台灣的三角委託貿易 | 林玉茹 | 東亞海域網絡與港市社會 (臺南 : 國立成功大學人文社會科學研究中心) | |||
| 17 | - | 清代臺灣經濟地理 | 林玉茹 | 上海 | |||
| 18 | 1996 | 清代臺灣港口的空間結構 | 林玉茹 | 臺北 | |||
| 19 | 2000 | 清代竹塹地區的在地商人及其活動網絡 | 林玉茹 | 臺北 | |||
| 20 | 1999 | 清代竹塹地區的在地商人及其商業資本 | 林玉茹 | 臺灣商業傳統論文集 (臺北 : 中央研究院臺灣史研究所籌備處) | |||
| 21 | 2012 | 比較視野下的臺灣商業傳統 | 林玉茹 | 臺北 | |||
| 22 | 2005 | 殖民地邊區的企業：日治時期東臺灣的會社及其企業家 | 林玉茹 | 邊陲社會及其主體性論文集 (臺東 : 東臺灣研究會) | |||
| 23 | 2007 | 殖民地的邊區：東臺灣政治經濟的發展 | 林玉茹 | 臺北 | |||
| 24 | 2014 | 林爽文事件前臺灣的邊區圖像：以乾隆49年的臺灣番界紫線圖為中心 | 林玉茹 ; 畏冬 | 清代地理志書研究 (北京 : 中國人民大學出版社) | |||
| 25 | 2011 | 《東臺灣研究》17期 | 林玉茹 | 台東市 | |||
| 26 | 1996 | 李（祖基）著「近代臺灣地方對外貿易」評介 | 林玉茹 | 臺灣史研究, 第2卷第1期，頁218-226 | |||
| 27 | 2000 | 明清臺灣洪水災害之回顧及其受災分析 | 曹永和; 林玉茹 | 臺灣地區水資源史 (臺中 : 臺灣省文獻會) | |||
| 28 | 2019 | 日本統治期台湾における税関制度の変遷 | 林玉茹 | 帝国日本における越境・断絶・残像――モノの移動 (東京：風響社， 植野弘子、上水流久彥主編) | |||
| 29 | 2011 | 技術移轉から地域開發へ：官營日本人移民事業的展開 | 林玉茹 | 植民地台湾の経済と社会 (東京 : 日本經濟評論社) | |||
| 30 | 2008 | 戰時東部漁業中心的形成：東臺灣水產會社的成立和花蓮港漁業移民的進行 | 林玉茹 | 後山歷史與產業變遷 (花蓮 : 國立花蓮教育大學鄉土系) | |||
| 31 | 2004 | 戰後臺灣的歷史學研究1945-2000：臺灣史 | 林玉茹 ; 李毓中 | 臺北 | |||
| 32 | 2016 | 差距與差異：國家內部次區域發展議題 | 夏黎明; 林玉茹 ; 黃宣衛 | 發展研究與當代臺灣社會 (臺北 : 巨流出版社) | |||
| 33 | 2013 | 尺素頻通：晚清寧波與泉州、臺灣之間的貿易文書 | 林玉茹 | 臺北 | |||
| 34 | 2013 | 導讀：寧波代理商與泉州、臺灣郊行之間的通信 | 林玉茹 | 尺素頻通：晚清寧波與泉州、臺灣之間的貿易文書 (臺北 : 政治大學出版中心) | |||
| 35 | 2008 | 導讀一：南瀛學國際研究的展開 | 林玉茹 | 南瀛歷史、社會與文化 (臺南 : 臺南縣政府) | |||
| 36 | 2017 | 導論：台湾拓殖株式会社研究の回顧と展望 | 林玉茹 | 台湾拓殖株式会社研究序説―国策会社の興亡― (東京 : 汲古書院) | |||
| 37 | 2011 | 國策會社與殖民地邊區的改造：戰時臺灣拓殖株式會社在東臺灣的經營 | 林玉茹 | 臺北 | |||
| 38 | 2016 | 國家內部次區域發展：東臺灣的論述與經驗 | 夏黎明; 林玉茹 ; 黃宣衛 | 發展研究與當代臺灣社會 (新北市 : 巨流圖書公司) | |||
| 39 | 2008 | 回首來時路：中央研究院臺灣史研究所古文書室藏文書的蒐集與運用 | 林玉茹 | 第二屆臺灣古文書與歷史研究 (臺中 : 逢甲大學出版社) | |||
| 40 | 2023 | 向海立生：清代臺灣的港口、人群與社會 | 林玉茹 | 臺北 | |||
| 41 | 2012 | 台湾拓殖株式会社の東台湾経営─国策会社と植民地の改造 | 林玉茹著 ; 森田明譯; 朝元照雄譯 | 東京 | |||
| 42 | 2004 | 台湾史研究入門（戰後以來臺灣史研究回顧） | 林玉茹著 ; 李毓中著; 森田明監譯 | 東京 | |||
| 43 | 2016 | 南瀛歷史、社會與文化IV：社會與生活 | 林玉茹 ; 植野弘子; 陳恆安 | 台南市 | |||
| 44 | 2008 | 南瀛歷史、社會與文化 | 林玉茹 ; Allio, Fiorella | 臺南 | |||
| 45 | 2009 | 倒風內海中南鯤身王爺信仰的發展 | 林玉茹 | 南鯤鯓五王信仰與鹽分地帶文化資產研討會論文集 (臺南 : 南鯤鯓代天府管理委員會) | |||
| 46 | 1998 | 何（玉雲）著池上平原的土地利用與農業經營評介 | 林玉茹 | 東臺灣研究, 第3卷，頁203-208 | |||
| 47 | 1999 | 五十年來臺灣方志成果評估與未來發展學術研討會論文集 | 許雪姬 ; 林玉茹 | 臺北 | |||
| 48 | 2000 | 久保文克著「殖民地企業史論──準國策會社實證研究」評介 | 林玉茹 | 臺灣史研究, 第6卷第2期，頁189-196 | |||
| 49 | 2015 | Merchant Communities in Asia 1600-1980 | Zelin, Madeline; Lin, Yuju | London | |||
| 50 | - | From Customary Practice to International Law: Disputes and Responses of Jiao Merchants in East Asian Trade (1880–1905) | Lin, Yuju | The Cambridge History of International Law (Cambridge University Press) | |||
| 51 | 2013 | 2012年度臺灣史研究文獻類目 | 林玉茹主編 | 臺北 : 中央研究院臺灣史研究所 | |||
| 52 | 2012 | 2011年度臺灣史研究文獻類目 | 林玉茹 ; 林文凱; 陳培豐; 賀安娟; 詹素娟 | 臺北 | |||
| 53 | 2011 | 2010年度臺灣史研究文獻類目 | 林玉茹 ; 林文凱; 陳培豐; 賀安娟; 詹素娟 | 臺北 |
